بر اساس نوع مرجان هايي كه تمايل به نگهداري از آنها در آكواريوم داريد مي توان تقسيم بندي هايي را براي اين گونه از آكواريوم ها در نظر گرفت. بر اساس اصول آكواريوم داري حرفه اي هر خانواده از مرجان ها را بايد به صورت مجزا از يكديگر نگهداري كرد. زيرا هر كدام از خانواده ي مرجان ها به صورت طبيعي موادي را از خود دفع مي كنند كه مانع از رشد ساير مرجان ها در نزديكي آنها مي شود به ويژه سافت كورال ها (مرجان هاي نرم مانند سينولارياها يا ساركوفيتون ها) در اين مورد بسيار تهاجمي هستند.
علاوه بر اين هر كدام از خانواده هاي مرجان ها نيازهاي خاصي را دارند كه امكان تامين همه ي آنها به صورت كامل در يك آكواريوم ميسر نيست. به عنوان مثال مرجان هايي كه از طريق فيلتر كردن آب، مواد مغذي مورد نياز خود را به دست مي آورند مانند صدف ها يا سافت كورال ها نياز به آبي دارند كه مواد ارگانيك معلق در آن زياد باشد تا از طريق جذب اين مواد ارگانيك معلق در آن زياد باشد تا از طريق جذب اين مواد ارگانيك،انرژي مورد نياز خود را به دست مي آورند و از طرف ديگر مرجان هاي سخت پوليپ كوتاه مانند آكروپوراها و مونتي پوراها به آب كاملاً تميز با كم ترين مواد ارگانيك معلق در آن نياز دارند بنابراين نگهداري سافت كورال ها در كنار مرجان هاي سخت پوليپ كوتاه بسيار سخت بوده و گاهي غير ممكن مي شود. دسته ي ديگر آكواريوم هايي هستند كه در آنها از مرجان هاي نواحي عميق و مرجان هاي اهرماتيپيك نگهداري مي كنند. اين دسته از مرجان ها تمام نيازهاي تغذيه اي خود را از طريق شكار پلانكتون ها و فيلتر نمودن آب به دست مي آورند و فاقد جلبك هاي زئوگزانتلا هستند بنابراين به سيستم روشنايي نياز ندارند. انواع اسفنج ها، سيفن ها و مرجان تيوباسترا از جمله ي اين مرجان ها محسوب مي شوند كه تغذيه اي روزانه ي آنها با استفاده از غذاهاي متنوع و مخصوص از اهميت ويژه اي برخوردار است وبه همين دليل نياز به رسيدگي خاص دارند.